Di situlah Nik Abdul Aziz mendapat pendidikan awal bersama ratusan pelajar Islam dari segenap ceruk rantau Asia Tenggara. Sejak kecil beliau mempelajari dan mendalami kitab-kitab agama yang muktabar dari Almarhum ayahandanya serta belajar menulis daripada ibunya Hajah Aminah Majid.

Sewaktu usia 9 tahun, Nik Abdul Aziz dihantar berguru dengan Tuan Guru Haji Abas Mohamad di pondok Madrasah Ittifaqiyah, Jertih, Besut, Terengganu. Tuan Guru menuntut ilmu di situ selama setahun sehingga peperangan Jepun berlaku dan pengajian dihentikan buat seketika.

Pada masa ini juga, Tuan Guru berulang alik ke Kampung Sirih, berguru dengan Tok Khurasan dan belajar dengan Tuan Guru Ali Pulau Pisang dalam mata pelajaran Nahu dan Tuan Guru Dato’ Muhamad Nur Ibrahim (bekas Mufti Kelantan) dalam pelajaran Fekah. Setelah perang tamat Tuan Guru menyambung kembali pelajaran secara formal di Ittifaqiyah.

Walaupun usia Tuan Guru masih muda tetapi beliau dapat menguasai kitab Asmuni (sebuah kitab nahu yang agak tinggi) setanding dengan murid-murid yang lebih tua.

Pada tahun 1945 beliau menyambung pelajaran di Jamek Merbawi Al-Ismaili, Kota Bharu hingga 1952. Beliau menyambung pelajaran ke Universiti Darul Ulum di Deoban, India, mendalami ilmu Fekah, Usul Fekah, Tafsir al-Qur’an, Hadis dan lain-lain.

Ketika di India beliau juga telah berguru dengan Sheik al-Hadith dan guru Tarikat yang terkemuka di India iaitu Maulana Mohamad Ahmad Al-Madani dengan mendapat ijazah. Maulana Mohamad seorang pejuang kemerdekaan India yang pertama dan pernah di penjara semasa penjajahan Inggeris.

Pada 1957 beliau menyambung pelajaran ke Pakistan dalam bidang Tafsir. Pada 1958 menyambung pelajaran di Kuliyatul Lughah di Al-Azhar, Mesir dan memperolehi ijazah sarjana muda dalam jurusan pengajian bahasa Arab kemudian menyambung pelajaran sehingga mendapat ijazah sarjana (M.A) dalam jurusan kehakiman dan perundangan Islam selama 2 tahun. Kemudian beliau mendapat diploma pendidikan di Darul Azhar dan pulang ke tanahair Februari 1962.